Trong vai trò là một cán bộ chịu trách nhiệm về các khoản đầu tư của Mekong Capital, Khánh Vân chịu trách nhiệm đảm bảo thành công cho khoản đầu tư dài hạn tại Công ty Cổ phần Đầu tư F88. Khánh Vân là thành viên Ban Cố vấn Đầu tư nội bộ của Mekong Capital. Khánh Vân gia nhập Mekong Capital tháng 9 năm 2008.

Đỗ Thị Khánh Vân trước đây là phó phòng Phân tích đầu tư tại Công ty Cổ phần Chứng khoán FPT (FPTS), tại đây cô đảm nhiệm công việc đánh giá cơ hội đầu tư. Trước khi gia nhập FPTS, cô là kiểm toán viên cao cấp tại Ernst & Young Việt Nam trong hơn 4 năm.