Nguyễn Khánh Vân chịu trách nhiệm về các khoản đầu​ tư của Mekong Capital trong các giai đoạn đầu tư bao gồm lập dự án đầu tư, gia tăng giá trị sau quá trình đầu tư và thoái vốn thành công. Khánh Vân công tác tại Mekong Capital từ tháng 9 năm 2009.

Vân trước đây là kiểm toán viên và là chuyên viên tư vấn cao cấp tại PricewaterhouseCoopers Việt Nam trong gần ba năm. Cô đã tham gia nhiều h​​ợp đồng kiểm toán với các khách hàng trong lĩnh vực sản xuất, dịch vụ và ngân hàng. Cô cũng đã thực hiện một số dự án tư vấn tài chính và định giá doanh nghiệp cho các khách hàng trong ngành sản xuất.​